Der Sovereign Council ist die legislative Versammlung des Ordens, das "Parlament" des Ordens, das alle 2 Jahre zusammentritt. Die Bailiffs werden auf Empfehlung des Petit Conseil vom Grossmeister auf Lebenszeit ernannt. Die Bailiffs, Grosspriore und Priore haben je eine Stimme in der Versammlung. Sie treten mit Erreichen des 80. Lebensjahres in den Ruhestand.

Für den Petit Conseil, die Exekutive des Ordens, die "Regierung", wählt der Sovereign Council 4 Mitglieder aus den insgesamt 20 aktiven Bailiffs. Die Mitglieder des Petit Conseil werden alle 2 Jahre entweder neu gewählt oder in ihrem Amt bestätigt.

Der Orden hat ein eigenes Gericht, das sich aus 3 ordentlichen und 2 Hilfsrichtern, in der Regel Juristen, zusammensetzt, und die vom Sovereign Council gewählt werden. 

Die Mitglieder des Kirchenrates werden vom Lt. Grossmeister ernannt und vom Petit Conseil bestätigt. Es wird darauf geachtet, dass möglichst jede Konfession im Kirchenrat vertreten ist.